四月大赦天下，齐王司马囧因讨伐贾后升任游击将军，司马囧内心不满，责问孙秀说：“勘定贾后我应首功，怎赐我杂号之名？”，孙秀察觉司马囧之意，又对司马囧说：“齐王勿怒，有功者已多加封赏，今齐王之功众自知也。所领之将位乃他人所受，待赵王酒宴告止，吾即上表齐王之诉。”翌日赵王就让司马囧出任平东将军，镇守许昌。卫尉石崇的外甥欧阳建与相国司马伦有怨恨，此外，石崇有一个胡妾叫贺拔秋，石崇要给她起小名，以石崇自己腰间金剑上的绿玉做的绿珠为其小名。经常带着她乘坐马车行于京中，人们在看了这位绿珠的样貌不禁感叹：“昔日以为王衍长女王芣苡已是倾国倾城，看到绿珠之容才知天下之最，貂蝉西施不能与之相比。”他的宠妾绿珠不仅美艳且善吹胡笛，石崇为解绿珠思乡之情，盖了一座极其奢华的“金谷园”。孙秀向来与他有隙，孙秀派人向石崇索要言辞激烈，石崇不给。到司马允前诬告石崇说道：“石崇暗藏甲士不敢昭示我等。其人必有反心！”淮南王司马允说道：“石崇贪恋财物有谋，暗藏甲士此非石崇所为！汝莫非看中石崇家中侍女，讨要不成反而诬陷？”孙秀百口莫辨被淮南王逐出府外。孙秀从此怀恨在心。中护将军司马允，性格坚毅，皇宫禁兵都服从他。百官之中也所有追随者。四月廿五日淮南王司马允看到了贾南风写的《忧帝书》感叹道贾南风所言一一应验，今赵王果然欲挟持皇帝而自立。司马允知道相国司马伦和孙秀有篡国的意图，就暗中培养敢死之士以待时机成熟。潘岳素来与孙秀不和于是暗中与司马允联络答应届时一起起兵。

五月初二欧阳建看到了《忧帝书》于是凑得家仆和武丁共计一百五暗中联络司马允答应起事。初九，晋惠帝司马衷诏令临海王司马臧为皇太孙，下诏让前太子的太子妃王珂苏回宫作太孙的母亲。王珂苏对王衍哭诉道：“今太子已死，又使我去！不知待以几时，我又而归？”王衍说道：“宫中之事，历来如此，汝既曾为太子妃，今太子遗孀就是汝子，汝怎能哭泣至此。愧为我女！”王衍由于被罢官日日买醉不谙世事，今日又是喝酒数斛对王珂苏大声训斥。王珂苏掩面而泣上了马车去宫中照顾皇孙。太子所属的官员臣僚转为太孙的官属，相国司马伦兼任太孙太傅的职责。十九日，给已故太子定谧号，称愍怀。六月十三，将太子在显平陵安葬。同日清河康王司马遐去世，晋惠帝司马衷亲自为其举行丧礼如安平王丧事。

八月初五，司马伦转调司马允为太尉，表面上显示出优待推重司马允，而实际上是剥夺他的兵权。司马允托病不接受任命。孙秀派御史刘机逼迫司马允，拘捕司马允麾下参事，弹劾司马允抗拒诏令，大逆不道。司马允审视诏书，发现是孙秀的笔迹，勃然大怒，拘捕御史刘机准备杀掉，结果刘机逃脱，司马允擅自杀了刘机的主簿和参事。初六司马允对部下们说：“今日赵王所为必是图谋我等！汝等可有讨伐之计！”司马允麾下关陂说：“昔日楚王司马玮，师出无名致使被朝廷扑灭，淮南王讨伐司马伦，以其擅权为由进而讨之。”于是司马允率领亲兵和军帐下的兵卒七百人冲出去，大声呼喊：“赵王司马伦造反，欲杀皇帝！今日我等兴王师讨之，跟随我的人请袒露左臂。”于是潘岳和欧阳建带领兵卒加入司马允的队伍。司马允快到皇宫时，尚书左丞王舆紧闭宫门，司马允无法入内，只能率领甲士迎门痛骂。赵王司马伦率领甲士包围了司马允。司马伦所带领的都是之前四处征讨胡人的精兵，司马伦与他交战司马允屡战屡败，死了一千多人。陈徽带领太子东宫的兵士在东宫里击鼓响应司马允。司马允在承华门前摆开兵阵。弓、弩齐发，射向司马伦，箭如雨下。司马伦主簿用身体掩护司马伦，脊背中箭而死。司马伦的部下都在树后躲避，结果每棵树都被射了几百箭，司马伦的侍卫吓的不敢动，躲在树后司马伦无处可躲大声呵斥侍卫走开，侍卫捂住耳朵不断颤抖，司马伦上前一剑将其杀死，踢到一旁躲在树后。司马允的士兵从辰时射箭一直到未时从未中断，司马伦命人把盾拿来当在自己面前。中书令陈淮，想接应司马允，告诉晋惠帝说：“应该派人举起白虎幡响应司马允。”于是惠帝让宫中督护伏胤带领四百甲士持白虎幡从宫中出去，但是侍中汝阴王司马虔在门下省，暗地与伏胤说：“今日帮助赵王平乱，保你富贵无忧，如果帮助淮南王司马允。可是你之前帮助赵王做事，你觉得他会放过你吗？”伏胤心领神会就怀揣空白诏令出去，假称惠帝有诏令帮助淮南王司马允。司马允没有察觉，打开兵阵把伏胤放了进去，自己下战车与其子跪地接受诏令，伏胤趁机杀了司马允。司马允的儿子们四散奔逃，伏胤追上去又杀了司马允的儿子秦王司马郁、汉王司马迪。司马允部众溃散，关陂单骑而逃。赵王司马伦得救将自己侍卫的尸体翻过来拔出剑，命令残部军士冲杀司马允部众。司马允死后牵连被灭族杀死的有几千人。淮南王司马允享年二十九岁。司马伦任命光禄大夫陈淮为太尉。起初，司马伦战败，人们都说已经擒获司马伦，百姓十分高兴。赵王司马伦亲自于城中说司马允谋反今以勘平其乱，百姓听闻无不叹息。

相国司马伦逮住了淮南王司马允的胞弟吴王司马晏，也想杀掉他，光禄大夫傅祗在朝廷上为他争辩：“今已杀淮南王，又何图吴王！汝欲屠戮宗室，是要仿效秦之胡亥吗？”司马伦不擅长辩解，晋惠帝说道：“淮南王乃我弟也，吴王亦是，今赵王已杀淮南王，还要再杀我胞弟乎？”百官劝说不要杀，司马伦作罢把司马晏贬为宾徒县王。孙秀就趁机声称石崇、潘岳，欧阳建都追随司马允叛乱，赵王司马伦不查清真相，假传诏令命宫卫长王当率领甲士去将二人逮捕。王当大军一围，石崇见大势已去，对绿珠说：“我因你获罪，奈何？”绿珠流泪道：“妾当效死君前，不令贼人得逞！”然后坠楼而亡，孙秀得知命王当斩了石崇。石崇感叹说：“不想被贪财好色之辈所害，早知如此何必当初！”王当说：“公自知也，事已至此何必懊悔？”石崇无言以对。潘岳与石崇、欧阳建都被诛灭三族，石崇遇害享年五十二岁，其人府中珠宝稀贵有加抄家士兵脱下衣服一一佩戴挂在时身上，小的放钱袋大的背上一个个都金光涌现。二百个士卒用二十辆牛车拉了五天才搬走这些珍品宝物。欧阳建被杀前作诗《临终诗》临刑前所做，“上负慈母恩，痛酷摧心肝。下顾所怜女，恻恻心中酸。”诗文甚哀楚享年三十八岁。司马伦查清司马允作乱后大怒软禁晋惠帝不准其出宫门，命孙秀写诏令赐毒酒给陈淮。陈淮喝完后泪流满溢对着崇阳陵的方向深深一拜毒发身亡享年六十岁。齐王司马囧听闻淮南王遇害，吴王被贬，说道：“故淮南王允忠孝笃诚，忧国忘身，讨乱奋发，几于克捷。遭天凶运，奄至陨没，逆党进恶，并害三子，冤魂酷毒，莫不悲酸。”

初八孙秀在朝廷中商议为相国司马伦加赐九锡，文武百官皆沉默不语。只有吏部尚书刘颂说：“过去东汉封曹魏九锡，曹魏封晋九锡，都是有功之人才能获之。周勃、霍光，他们的功勋卓著，都没有听说给他们加九锡。”张林听后特别愤怒，把刘颂当作张华的党羽，要杀掉刘颂。孙秀说：“杀张华、裴頠已经影响朝纲，不能再杀刘颂。”张林才没有动手。司马伦等让刘颂担任光禄大夫。初十孙秀写诏加赐司马伦九锡，又升任司马论长子司马荂为抚军将军，次子司马虔为中军将军，三子司马翊为侍中。十一日又升孙秀为侍中、辅国将军，相国司马、右卫率等职仍由他兼任。张林等人都高居显要官职。把相府兵增加为两万人，与皇宫禁卫的人数相同，此时司马伦拥兵五万于城中。把东宫的三个门都建成四角华丽的望楼，又隔断宫的东西道路为外部边界。有人对孙秀说：“散骑常侍杨准、黄门侍郎刘逵要梁王司马肜来诛杀司马伦。”孙秀欲徙司马肜为丞相，居住司徒府，让杨准、刘逵转任外官。司马伦和孙秀都顽劣粗鄙常常暗中侮辱晋惠帝，经常在外面骑马时让晋惠帝司马衷牵马。和司马伦、孙秀在一起共事的，都是奸佞之人，只会追名逐利，没有深谋远虑，而且会互相背叛。司马伦的儿子中司马荂见识浅薄滥施刑法，司马馥、司马虔也都凶狠暴戾，司马诩愚蠢顽劣，相厌恶嫉妒。孙秀的儿子孙会岁二十身高五尺不足相貌丑陋。孙秀却让他娶了河东公主。九月，改梁王为丞相，让梁王司马肜担任，司马肜坚持推辞而不受。

十一月，将羊献容册立为皇后，大赦天下。皇后是尚书郎泰山人羊玄之的女儿。她外祖父平南将军乐安人孙旂与孙秀是同宗，孙旂的几个儿子也都和孙秀结交。

十二月任命羊玄之为光禄大夫，加特进级、散骑常侍，并封为兴晋侯。